Alexandre Bournery et Stéphanie Bréhard

Logiciel R

exemple graphique

« If they are useful, use them ; if they are not, change them » (A. von den Driesch, 1976).

Le logiciel R (téléchargeable directement sur http://www.r-project.org) constitue une alternative intéressante aux solutions traditionnelles d’analyse de données : c’est un logiciel puissant, libre et gratuit proposant une panoplie variée de modèles statistiques et dont l’usage se répand de plus en plus au travers des publications/travaux scientifiques. Gratuit et libre, il représente, tout comme la référence ostéométrique de von den Driesch, la base d’un possible langage commun pour la communauté des archéozoologues.

« If they are not, change them »....

Lorsque l’archéozoologue souhaite traiter ses données, il a le choix entre des programmes “clés en main“, qu’il ne peut jamais modifier et donc réellement maîtriser, ou passer par des langages dits plus flexibles, tels que le C, C++ ou encore Fortran, qui sont, quant à eux, bien souvent trop lourds et donc rapidement inutilisables. Des solutions consensuelles, telles Gauss, Matlab ou SAS, innovèrent en adaptant la solution logicielle à la programmation mais ces initiatives n’eurent pas le succès escompté.

Mis au point de manière indépendante par Robert Gentleman et Ross Ihaka en 1996, l’originalité de R, outre sa gratuité, tient dans le fait d’avoir développé une solution logicielle s’appuyant sur un langage puissant, S, utilisé par d’autres logiciels commercialisés, et qui demande, en plus, beaucoup moins de mémoire vive que ses homologues payants (le principal inconvénient des anciennes solutions Matlab, SAS ). R a si parfaitement cerné les attentes de la communauté scientifiques et les principaux points négatifs des anciennes solutions logicielles qu’aujourd’hui existe une R Core team, un groupe de programmeurs qui développent continuellement ce logiciel à travers le monde.

L’outil graphique est lui aussi très intéressant : il propose de très nombreux types de représentations, qui peuvent être sauvegardés en différents formats, metafile, jpeg, bitmap, pdf, etc., permettant ainsi d’inclure les différents résultats de l’analyse dans des logiciels de traitement de texte classiques :

Quel logiciel vous permet de réaliser : Des diagrammes ternaires,

Des box plots (boîtes à moustache), sans passer par des macros, en utilisant simplement une seule commande ?

...Et quel logiciel vous permet d’élaborer vos propres illustrations sans aucune contrainte ?

...Et permet d’effectuer des Anovas, des calculs de logshapes, le tout à la suite, sans macros ?

Enfin, il existe un outil d’aide proposant des fiches sous format html qui reprennent les différentes bibliothèques (packages) composant R, des documents PDF qui sont des guides d’utilisation du logiciel et, enfin, un forum en ligne qui permet à l’utilisateur de poser des questions sur un composant ou une fonction.

Des formations à R sont organisées dans les cadres :
 du Master du Muséum national d’Histoire naturelle
 du GDR Morphométrie et évolution des formes
 au sein de l’UMR 5197. Contacts : bournery@mnhn.fr, brehard@mnhn.fr.

Quelques liens et références bibliographiques :

 Ihaka, R. & Gentleman, R., 1996 ; R : a language for data analysis and graphics. Journal of Computational and Graphical Statistics 5 : 299-314

 Un des meilleurs ouvrages sur le sujet : An R and S-plus companion to applied regression, John Fox 2002 sage Publications

 Sur le site officiel de R. (R Core Team) vous pourrez télécharger les différentes versions du logiciel (existant pour Windows, Mac, Linux), les manuels d’aide et vous tenir au courant des prochaines évolutions de R.